Angesichts dieses anfänglichen Diagramms:
import networkx as nx
G=nx.MultiGraph()
fromnodes=[0,0,1,1,1,1,1,2,3,4,5,5,5,7,8,9,10]
tonodes=[1,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16]
dupedgeind=0
for x,y in zip(fromnodes,tonodes):
if G.has_edge(x,y):
dupedgeind=dupedgeind+1
G.add_edge(x,y,key=dupedgeind)
else:
dupedgeind=0
G.add_edge(x,y,key=dupedgeind)
Kann jemand diesen Fehler nachstellen?
pos=nx.nx_agraph.pygraphviz_layout(G,prog='sfdp')
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 262, in pygraphviz_layout
A=to_agraph(G)
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 155, in to_agraph
A.add_edge(u,v,key=str(key),**str_edgedata)
File "C:\Python27\lib\site-packages\pygraphviz\agraph.py", line 484, in add_edge
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key, _Action.find)
KeyError: 'agedge: no key'
Das Problem hat etwas mit dem Aufruf der agedge-Funktion von graphviz zu tun, es scheint das Format von nicht zu mögen key Parameter; wenn ich umsteige (Zeile 480 v agraph.py):
...
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)
...
zu
...
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, "a_string" , _Action.create)
...
es schlägt nicht mehr fehl (verliert aber die Tastenbeschriftungen).
Gibt es eine offensichtliche Möglichkeit, dies zu beheben (so dass key Parameterwerte bleiben erhalten)? – Nichts, was ich versuche, scheint zu funktionieren.
Was sind die sinnvollsten nächsten Debugging-Schritte?
Aus hieres scheint, dass die c Die agedge-Funktion (die ich nicht sehen kann, da sie sich in einer .pyd-Binärdatei befindet) hat das folgende Format:
*agedge(Agraph_t *g, Agnode_t *t, Agnode_t *h, char *name, int createflag)
bei dem die char *name ist der Schlüssel.
Ich kann nicht herausfinden, warum es a nicht akzeptiert str dtype wie im ursprünglichen Fehler.
Versionen beachten:
networkx – 1.11, pygraphviz – 1.3.1 (installiert von http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygraphviz) Python 2.7 (32bit – installiert über python(x,y)) unter Windows 7 (64-bit), GraphViz – 2.38
Ich habe auch gesehen, dass dieses Problem in diesen Fragen auftaucht:
-
Hierarchischer Graph mit parallelen Kanten
-
So zeichnen Sie parallele Kanten in Networkx / Graphviz
AKTUALISIERUNG 1
Ich habe versucht, die einzustellen key Eingabe in die Agege-Funktion in eine Reihe von Varianten von Char-Arrays (z (ct.c_char_p * len(key))(key) (ct ist ctypes-Modul) basierend darauf). Dadurch ändert sich der Fehler zu:
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 262, in pygraphviz_layout
A=to_agraph(G)
File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py", line 155, in to_agraph
A.add_edge(u,v,str(key),**str_edgedata)
File "C:\Python27\lib\site-packages\pygraphviz\agraph.py", line 482, in add_edge
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, (ct.c_char_p * len(key))(key), _Action.create)
TypeError: in method 'agedge', argument 4 of type 'char *'
AKTUALISIERUNG 2
Ich kann es zum Laufen bringen (aber keinen Multigraph zurückgeben), wenn ich dies tue:
Im agraph.py Ersetzen der Linie
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, key , _Action.create)
mit
try:
# new
if key==0:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(0), _Action.create)
else:
eh = gv.agedge(self.handle, uh, vh, str(1), _Action.create)
Ich weiß nicht, warum nur auf eine Zeichenfolge zu werfen str(key) funktioniert nicht.
UPDATE 3 – BEARBEITEN mit der Funktion
Habe die Funktion hier gefunden – https://github.com/ellson/graphviz/blob/master/lib/cgraph/edge.c
Agedge_t *agedge(Agraph_t * g, Agnode_t * t, Agnode_t * h, char *name,
int cflag)
{
Agedge_t *e;
IDTYPE id;
int have_id;
have_id = agmapnametoid(g, AGEDGE, name, &id, FALSE);
if (have_id || ((name == NILstr) && (NOT(cflag) || agisstrict(g)))) {
/* probe for pre-existing edge */
Agtag_t key;
key = Tag;
if (have_id) {
key.id = id;
key.objtype = AGEDGE;
} else {
key.id = key.objtype = 0;
}
/* might already exist locally */
e = agfindedge_by_key(g, t, h, key);
if ((e == NILedge) && agisundirected(g))
e = agfindedge_by_key(g, h, t, key);
if (e)
return e;
if (cflag) {
e = agfindedge_by_key(agroot(g), t, h, key);
if ((e == NILedge) && agisundirected(g))
e = agfindedge_by_key(agroot(g), h, t, key);
if (e) {
subedge(g,e);
return e;
}
}
}
UPDATE 4:
Die Fehlerquelle liegt im Inneren Dies pygraphviz-Datei, graphviz_wrap.c, Zeile 3921:
SWIGINTERN PyObject *_wrap_agedge(PyObject *SWIGUNUSEDPARM(self), PyObject *args) {
PyObject *resultobj = 0;
Agraph_t *arg1 = (Agraph_t *) 0 ;
Agnode_t *arg2 = (Agnode_t *) 0 ;
Agnode_t *arg3 = (Agnode_t *) 0 ;
char *arg4 = (char *) 0 ;
int arg5 ;
void *argp1 = 0 ;
int res1 = 0 ;
void *argp2 = 0 ;
int res2 = 0 ;
void *argp3 = 0 ;
int res3 = 0 ;
int res4 ;
char *buf4 = 0 ;
int alloc4 = 0 ;
int val5 ;
int ecode5 = 0 ;
PyObject * obj0 = 0 ;
PyObject * obj1 = 0 ;
PyObject * obj2 = 0 ;
PyObject * obj3 = 0 ;
PyObject * obj4 = 0 ;
Agedge_t *result = 0 ;
if (!PyArg_ParseTuple(args, char*)"OOOOO:agedge",&obj0,&obj1,&obj2,&obj3,&obj4)) SWIG_fail;
res1 = SWIG_ConvertPtr(obj0, &argp1,SWIGTYPE_p_Agraph_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res1)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res1), "in method '""agedge" "', argument " "1"" of type '" "Agraph_t *""'");
}
arg1 = (Agraph_t *)(argp1);
res2 = SWIG_ConvertPtr(obj1, &argp2,SWIGTYPE_p_Agnode_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res2)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res2), "in method '" "agedge" "', argument " "2"" of type '" "Agnode_t *""'");
}
arg2 = (Agnode_t *)(argp2);
res3 = SWIG_ConvertPtr(obj2, &argp3,SWIGTYPE_p_Agnode_t, 0 | 0 );
if (!SWIG_IsOK(res3)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res3), "in method '" "agedge" "', argument " "3"" of type '" "Agnode_t *""'");
}
arg3 = (Agnode_t *)(argp3);
res4 = SWIG_AsCharPtrAndSize(obj3, &buf4, NULL, &alloc4);
if (!SWIG_IsOK(res4)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(res4), "in method '" "agedge" "', argument " "4"" of type '" "char *""'");
}
arg4 = (char *)(buf4);
ecode5 = SWIG_AsVal_int(obj4, &val5);
if (!SWIG_IsOK(ecode5)) {
SWIG_exception_fail(SWIG_ArgError(ecode5), "in method '" "agedge" "', argument " "5"" of type '" "int""'");
}
arg5 = (int)(val5);
{
result = (Agedge_t *)agedge(arg1,arg2,arg3,arg4,arg5);
if (!result) {
PyErr_SetString(PyExc_KeyError,"agedge: no key");
return NULL;
}
}
resultobj = SWIG_NewPointerObj(SWIG_as_voidptr(result), SWIGTYPE_p_Agedge_t, 0 | 0 );
if (alloc4 == SWIG_NEWOBJ) free((char*)buf4);
return resultobj;
fail:
if (alloc4 == SWIG_NEWOBJ) free((char*)buf4);
return NULL;
}
Oder es ist innerhalb Dieses hiergraphviz.i, Zeile 68.
In jedem Fall scheint die Fehlerzeichenfolge “agedge: no key” zurückgegeben zu werden, wenn agedge aus irgendeinem Grund fehlschlägt … Vielleicht hat es etwas mit SWIG zu tun.
Nur ein Schuss im Dunkeln, haben Sie versucht, Ihren Schlüssel an eine Schnur zu werfen:
G.add_edge(x,y,key=str(dupedgeind))?– Markku K.
25. Februar 2016 um 16:21 Uhr
@atomh33ls Ich glaube, dass Sie ein seltsames Umgebungsproblem haben. Dein Code funktioniert auf meinem Rechner einwandfrei. Ich benutze
networkx==1.11,pygraphviz==1.3.1und graphisch2.38.0. Haben Sie versucht, Ihren Code in einer virtuellen Umgebung auszuführen?– Wsminkow
3. März 2016 um 23:24 Uhr
Ich kann auch überprüfen, ob der Code für mich funktioniert
networkx-1.11,pygraphviz-1.3.1undgraphviz-2.38.0. Mein Betriebssystem ist Linux. Vielleicht ist etwas falsch kompiliert?– Arik
4. März 2016 um 1:12 Uhr
@atomh33ls Sie können auch versuchen, hier pygraphviz und andere Bibliotheken für Windows zu bekommen lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygraphviz.
– Wsminkow
4. März 2016 um 19:54 Uhr
Wie wäre es, wenn Sie die “offizielle CPython-Distribution” ausprobieren, wie auf empfohlen lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygraphviz Woher hast du die pygraphviz-Binärdateien?
– Arik
21. März 2016 um 4:08 Uhr